Bioinformàtica
Guillem Hernández Gu ...
Emotional analysis prediction using qualitatively representations of multip ...
Més info
Grau en Bioinformàtica
El Grau en Bioinformàtica inclou com a assignatura obligatòria el Treball de Fi de Grau (TFG), de caràcter científic-professional, que s’ha de fer durant els dos últims trimestres del darrer curs.
El TFG tant pot ser un projecte ampli en el camp de les tecnologies específiques de la bioinformàtica, que reflecteixi les competències adquirides associades a la titulació, com un projecte d’exploració d’una idea innovadora (per exemple, un programa informàtic o bé un model científic per donar resposta a un problema biomèdic o a un fenomen biològic).
Els estudiants comptaran amb supervisió al llarg de tot el procés de preparació del TFG, que hauran de presentar al final de l’any acadèmic davant d’un tribunal examinador integrat per professors del grau.
Filtrar resultats
Bioinformàtica
Guillem Hernández Gu ...
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Guillem Hernández Guillamet
Director/a del treball: Mireia Olivella i Beatriz Lòpez
Predicció d’emocions fent servir senyals fisiològiques. Metodologia que busca transformar les seqüències temporals a representacions qualitatives, reduint la complexitat, per minar des d’un punt de vista estructural i de característiques les senyals; fent servir tècniques adoptades de la bioinformàtica i la mineria de text. La metodologia reuneix múltiples senyals simultàniament i realitza diversos procediments de classificació per a un anàlisis de consens posterior, buscant la millor predicció.
Institució: Control Engineering and Intelligent Systems (eXit) - Universitat de Girona (udG)
Bioinformàtica
Ignasi Andreu Godall
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Ignasi Andreu Godall
Director/a del treball: Gabriel Valiente
Trobar una solució òptima per a una instància de problema d’alineació de seqüències múltiples per a més de dues seqüències és un problema d’optimització dur que és computacionalment car, fins i tot per a algunes seqüències de longitud moderada. En conseqüència, la investigació sobre l'alineació de seqüències múltiples s'ha centrat principalment en mètodes heurístics. No obstant això, els avenços recents en solucionadors de programació lineal enters han permès trobar solucions exactes i òptimes a instàncies de problemes d'alineació de seqüències múltiples per a diverses seqüències de longitud moderada.
Institució: https://www.linkedin.com/in/ignasi-andreu-godall-09a363139/
Bioinformàtica
Laura Aviñó Esteban
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Laura Aviñó Esteban
Director/a del treball: Daniel Zerbino
Tot i tenir coneixement d'on es troben els gens i les regions del genoma que els regulen, anomenades enhancers; encara no sabem quines interactua amb quin gen. En aquest treball he generat models basats en aprenentatge automàtic utilitzant diferents subconjunts dades, incloent-hi Hi-C, epigenòmica i eQTLs, per predir aquestes coneccions. També he creat un mètode per imputar les interaccions utilitzant tècniques de reducció de dimensionalitat en l'expressió de RNA. En el conjunt, he demostrat que integrant diferents fonts de dades en el mateix mètode augmenta el rendiment d'aquest.
Institució: European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
Bioinformàtica
Rubén Molina Fernand ...
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Rubén Molina Fernandez
Director/a del treball: Baldomero Oliva
Hem modelat la possible interacción entre el AB-Amyloide i el receptor d’Insulina, sota la hipotesis de que es pot estar donant un feedback que derivi en Alzheimer quan la dimerització del receptor d’Insulina no ocorreix de forma correcta, com per exemple en la malaltia de Diabetes.
Institución: Unitat de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB) Universitat Pompeu Fabra (UPF)
Bioinformàtica
Jordi Busoms
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Jordi Busoms
Director/a del treball: Xavier Jalencas i Jordi Mestres
Una de les principals causes de les reaccions adverses provocades per fàrmacs són les interaccions inesperades d'aquests amb proteïnes més enllà del seu objectiu. Els mètodes computacionals per a predir aquestes reaccions per milers de proteïnes es basen principalment en el lligand. Els mètodes basats en l'estructura segueixen sent computacionalment costosos. L'objectiu d'aquest projecte és investigar mètodes basats en l'estructura més eficients per tal de poder anticipar la probabilitat d'unió entre cada petita molècula i milers de proteïnes. Hem obtingut un algoritme funcional capaç d'aconseguir grups de llocs d'unió similars des d'estructures de proteïnes en tres dimensions i de generar entitats representatives del grup sencer.
Institució: Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM)
Bioinformàtica
José Miguel Ramírez ...
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: José Miguel Ramírez Cardeñosa
Director/a del treball: Eva Novoa
RNA modifications have recently emerged as key regulators in many biological processes. However, current methods to genome-wide map RNA modifications using next-generation sequencing (NGS) are only available for 5 % of the known modifications, among other drawbacks. A new method is the direct RNA sequencing platform developed by Oxford Nanopore Technologies, which is able to sequence native RNA molecules. Here, we systematically compare state-of-the-art base-calling and mapping algorithms, as well as their ability to detect and distinguish RNA modifications using systematic base-calling ‘errors’. We find that Guppy 3.0.3 produces the highest accuracy and qualities, being also able to detect RNA modifications with the highest accuracy, and that GraphMap performs better than minimap2. However, distinguishing between different types of RNA modifications that modify the same ribonucleotide, such as 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine, still remains a challenge.
Institution: Centre de Regulació Genòmica (CRG)
Bioinformàtica
Ferriol Calvet Riera
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Ferriol Calvet Riera
Director/a del treball: Dr. Jonathan M. Mudge, Dr. Adam Frankish
A les regions no traduides dels gens que codifiquen per proteïnes, podem trobar-hi marcs oberts de lectura (uORFs, de les sigles en anglès) que poden tenir un paper important en la regulació del procés de traducció. Hem generat un recull dels 104497 possibles uORFs, que conté informació addicional sobre cadascun d’ells i també una puntuació individual associada que ens informa de com de probable es que siguin funcionals. A part d’aixo tambe donem eines per poder actualizar els resultats a noves versions de l’anotacio, i poder visualitzar els uORFs a UCSC genome browser.
Institució: EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute
Bioinformàtica
Paula Balcells Falgu ...
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Paula Balcells Falgueras
Director/a del treball: Virginie Uhlmann, Dra. Mireia Olivella
La caracterització quantitativa dels objectes en bioimatges pot proporcionar informació útil per comprendre els fenòmens biològics. En aquest projecte, hem desenvolupat un paquet en Python per quantificar, comparar i explorar la morfologia dels objectes 2D en bioimatges a partir dels seus contorns. A partir de models de corbes spline paramètriques, les mètriques quantitatives han estat obtingudes analíticament i implementades algorítmicament. Per mostrar l’ús dels mètodes desenvolupats en l’anàlisi de bioimatges, hem realitzat dos experiments utilitzant conjunts d'imatges de microscòpia.
Institució: EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute
Bioinformàtica
Marta Ibáñez Lligoña
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Marta Ibáñez Lligoña
Director/a del treball: Dr. Amanda Sferruzzi-Perri, Dr Xiaohui Zhao, Dr Tina Napso
La placenta gestiona las señales entre la madre y el feto, que afecta la fisiología materna y el intercambio de nutrientes. Malformaciones en esta pueden causar complicaciones en el embarazo. Para entender mejor la endocrinología placentaria del embarazo y patologías del embarazo, hemos usado espectrometría de masas y bioinformática para estudiar el secretoma y peptidoma de la placenta. Hemos obtenido una lista de 319 proteínas secretadas des de la placenta y están relacionadas con el desarrollo anatómico y el sistema inmunitario, entre otras. Un 37,7% de las proteínas se han encontrado desreguladas en complicaciones en el embarazo.
Institución: University of Cambridge
Bioinformàtica
Andrea Nieto-Aliseda ...
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Andrea Nieto-Aliseda Sutton
Director/a del treball: Biola M. Javierre, Dra. Mireia Olivella
L'objectiu d'aquest projecte és augmentar la comprensió de la oncogènesi de la leucèmia limfoblàstica aguda de cèl·lules B, identificant gens desregulats mitjançant l'estudi de mutacions epigenètiques observades en els seus elements reguladors, particularment potenciadors de llarg abast que poden estudiar-se amb l'estudi 3D de el genoma
Institució: IJC - Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras
Bioinformàtica
Alexis Molina Martín ...
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Alexis Molina Martínez Delos Reyes
Director/a del treball: Victor Guallar
La termoestabilitat es un concepte important en la indústria biotecnològica ja que juga un paper clau els processos enzimàtics i per tant, en la millora de la producció. En aquest estudi proposem un seguit d’anàlisis per l’estudi de la termoestabilitat i de la identificació de regions mutable en enzims fent ús de simulacions moleculars i xarxes d’interacció de residus. Agafant com a pilar central la hipòtesi que sosté a la flexibilitat com un agent relellevant en la estabilitat tèrmica de les proteines, els anàlisis desenvolupats han pogut elucidar regions claus de mutabilitat validades en dos estudis retrospectius.
Institución: BSC - Barcelona Supercomputing Center
Bioinformàtica
Irene Acero Pousa
Més info
Bioinformàtica
Autor/a: Irene Acero Pousa
Director/a del treball: Estela Càmara
La malaltia de Huntington és una malaltia genètica i neurodegenerativa causada per una mutació al gen HTT que provoca una serie de símpotmes motrius, cognitius i psiquiàtrics. Tot i així, hi ha un alt grau de heterogenoïtat en l’origen i evolució de cada símptome. Els tres circuits corticoestriatals principals (motor, cognitiu i motivacional) estan afectats per la neurodegeneració, la qual podria ser la font de les diferències interindividuals entre els pacients. L’objectiu d’aquest estudi és caracteritzar la connectivitat estructural dels tres circuits principals amb la finalitat de delinear patrons de neurodegeneració específics que podrien ser la base de diferents perfils simptomàtics.
Institució: IDIBELL - Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge
Pots consultar els mijors TFG al repositori de la UPF